Der Austausch und auch die wirtschaftlichen Beziehungen wurden im Lauf der Jahre immer weiter vertieft – sowohl zu Tschechien als auch zu Österreich. Diese enge Verbindung zeigt sich heute am Engagement der Kammer innerhalb mehrerer grenzüberschreitend tätiger Organisationen wie der Euregio oder der Europaregion Donau-Moldau. Gemeinsam mit den tschechischen und österreichischen Nachbarn setzt sich die IHK für den Abbau von Handelshemmnissen und eine Verbesserung der Infrastruktur im Grenzraum ein.
Zusammen mit den Wirtschaftskammern Oberösterreich und Südböhmen verleiht die IHK Niederbayern außerdem jährlich den „Cross Border Award“: Dieser wird an Unternehmen vergeben, die sich besonders um die grenzüberschreitende Zusammenarbeit verdient gemacht haben. Auch dieser gemeinsame Preis ist ein Zeichen dafür, wie eng der Austausch der Nachbarn inzwischen ist.